经过上述初级阶段的榨取之后，毛棕榈油和毛棕榈仁油被送到精炼厂精炼，经过去除游离脂肪酸、天然色素、气味后，成为色拉级的油脂-精炼棕榈油（RBD PO）及棕榈油色拉油（RBD PKO）。
棕榈油中含有丰富的维生素A(500—700ppm)和维生素E(500—800ppm)。为了进一步提高棕榈油的营养价值，研究提高其不饱和脂肪酸含量的工作已在积极进行，国外在这方面已取得了一定的成效。
在制油时辅以除去铁质，这样可以间接控制氧化作用。同时注意对促使油脂氧化的一切环境条件加以控制。输送机、提升机定期进行清理；防止由种植地带来的泥土和破碎物对油造成污染。切勿采用铜、黄铜、青铜的配件，防止铜和油的接触。其原因是铜是一种强氧化剂。在不妨害取油的前提下，尽可能保持较低的温度。同时，尽量使油少暴露在空气中。
在贮藏期间，在工厂真空干燥工段后面可装冷冻机，使油在进入储罐之前，温度降到45-50℃。油装进罐后，对罐内充入惰性气体(二氧化碳、氮气)。也可以在油中加入些抗氧化剂，钝化微量金属，以消除油脂贮藏过程中的氧化作用。另外，采用大容器储油时，氧化作用亦能控制，也减少装卸时油的飞溅。