同仁医院现有中国工程院院士1名，北京学者3名，长江学者1名，享受政府特殊津贴专家11名，获、北京市突出贡献专家12名。作为首都医科大学第四临床医学院，医院承担着重要的教学任务。医院现有学位点28个，其中博士学位点13个。硕士生导师114人，博士生导师41人。拥有15个北京市住院医师培训基地。
改革开放以来，医院共获得省部级以上科技成果奖励138项，其中8项，获得国家自然科学基金资助项目253项。
北京同仁医院眼底专科引领国内眼底病的发展方向，在国内率先开展了间接检眼镜下孔源性视网膜脱离的手术，开展了玻璃体视网膜显微手术，创新了视网膜中央动脉栓塞的玻璃体手术，在驱逐性出血以及眼底肿瘤的放射性敷贴和局部切除手术等多个方面处于国内和国际前沿。
在科研方面，近年来，在原发性闭角型青光眼和原发性开角型青光眼发病机制和早期诊断方面做出重大成绩，其科研成果连续获得2013年和2014年国家科技进步二等奖两项，2012年中华医学奖一等奖一项，北京科技进步二等奖一项。同时多人多项目承担国家和北京市重点科研项目。
北京同仁医院眼外伤专科集几代眼外伤人的总结积累、几十年的临床实践诊治经验，业已形成一套具有自身特色的、在国内外业界具有良好口碑的眼外伤诊断常规，现已发展成为我国规模大、综合技术力量强的眼外伤专科。眼外伤专科除开展一般常见疾病手术如：白内障摘除、人工晶状体植入，晶状体脱位半脱位摘除、人工晶状体/张力环脱位半脱位复位、玻璃体切除，眼内异物取出，视网膜嵌顿、视网膜脱离复位等手术外，还广泛开展了各种复杂眼外伤的前后段联合手术，善于接诊各类眼外伤疑难杂症和重急症患者，在眼外伤后各种疑难高危复杂玻璃体视网膜病变、眼前节紊乱、眼球早期萎缩、眼后房微小异物、感染性眼病、复杂性虹膜睫状体病变以及严重眼化学伤等眼外伤相关疾病的诊治水平处于国际水平，是国内复杂性眼外伤患者的转诊中心，使许多以往无法医治的眼底、眼外伤复杂疑难病症得到成功的救治。