履约保证金必须游离在工程造价之外，只作为中标方违约时招标方损失的补偿，招标人必须是具备招标能力的法人，其建设资金已经到位，不能把履约保证金作为工程造价的补充。因此，履约保证金具有独立性，必须由双方认可的机构负责收缴、储存、执行和返还。
约束的目的不同。履约保证金的目的是担保承包人完全履行合同，主要保证工期和质量符合合同的约定。履约保证金的功能，在于承包人违约时，赔偿发包人的损失，也即如果承包人违约，将丧失收回履约保证金的权利，且，并不以此为限。质量保证金则更多的是一种约束工程质量的手段。
保证金的比例和返还时间不同。履约保证金的比例为工程造价的5%-10%，具体执行比例由发包人根据工程造价情况确定，承包人顺利履行完毕自己的合同义务，发包人必须全额返还保证金。质量保证金比例可参照政府投资的建设项目的要求按工程造价5%左右预留保证金，具体比例双方可协商，在工程竣工验收交付使用后开始计算缺陷责任期，责任期内承包人须认真履行合同约定的责任，到期后，承包人向发包人申请返还保证金。
履约保证金和投标保证金的区别
，提交主体不同。投标保证金由所有投标人提交；履约保证金仅由中标人提交。
第二，保证金的期限不同。投标保证金应在招标文件规定的投标保证金期限内提交，一般在投标同时提交；履约保证金应在签定正式施工合同前提交；投标保证金返还时间为签定施工合同或提供履约保证时的第28天；履约保证金返还时间为工程经验收合格之日或合同约定时间。
第三，法律后果不同。没有按照招标文件提交投标保证金或所提供的投标保证金有瑕疵的，按废标处理；提交投标保证金但违反下述方投标保证金的两种情况之一，没收投标保证金；没有按招标文件要求提交履约保证金的，将失去订立合同的资格，并没收投标保证金。提交履约保证金方不履行合同，接受方可按合同约定没收保证金，并不以此为限；接受方不履行合同，须向提交方双倍返还履约保证金，并不以此为限。
第四，设立目的不同。投标保证金的目的是投标人在有效期内不能撤回其投标文件；一旦中标，必须在规定期限内提交履约保证金或签署合同。履约保证金的目的保证完全履行合同，主要要保证按合同约定的质量和工期条款履行合同。