北京儿童医院积极发挥学科作用，领航儿科行业发展。2013年牵头组建北京儿童医院集团，创新“病人不动、医生移动”的模式服务全国患儿，目前集团成员已达15家。医院不仅在国内享有很高的声誉，而且在国际儿科界也有广泛影响，与美国、俄罗斯、加拿大、意大利、澳大利亚、瑞典、德国、法国、日本、新加坡和捷克等国的儿童医疗机构建立了良好的关系和广泛的合作。
经过多年的经验积累，各种小儿泌尿生殖系疾病的诊断和达到国内、国际先进水平。其中泌尿生殖系畸形中尿道下裂个体化积累上万例经验，一期手术修复成功率达80%以上，且外形美观;先天性肾积水肾盂输尿管吻合手术成功率95%以上。泌尿生殖系肿瘤中各种肾脏肿瘤病理类型的诊治积累了丰富的临床经验，其中肾母细胞瘤经手术、化疗及放疗等一系列综合长期生存率90%以上;横纹肌肉瘤及睾丸肿瘤也取得满意效果。泌尿生殖系创伤中外伤性后尿道断裂急症经会阴入路一期手术修复后尿道，明显缩短病程、减少并发症，陈旧性外伤性后尿道狭窄与闭锁经会阴修复或会阴联合耻骨入路修复积累了丰富经验，肾脏外伤特别是肾盂输尿管交接部断裂的诊治达国际水平。神经性膀胱功能障碍：根据尿流动力学改变选择适当，清洁间歇导尿和可控性尿流改道在保护患儿肾功能前提下获得排尿控制、提高生活质量。熟练应用腹腔镜微创手术：用于肾盂输尿管连接部梗阻、气膀胱手术、重复肾半肾切除、触摸不到的隐睾、精索静脉曲张、肾切除、前列腺囊切除等，使损伤减小、病程缩短、早期恢复正常活动。
尿道下裂是小儿泌尿生殖系统常见的畸形之一，占北京儿童医院泌尿外科病房收治病人数量的1/3～1/2，每年住院手术1000人次以上，还不包括几位知名专家外出会诊手术的例数。北京儿童医院泌尿外科团队经过近50年、几代人努力，在尿道下裂上积累了丰富经验，在国内水平。是国内收治病人数量多的科室，尤其重度尿道下裂病例占很大比例。
当爸爸妈妈们发现孩子阴囊，并且触摸睾丸有疼痛时，千万要当心了，有可能是附睾睾丸炎症或者睾丸扭转，而这两种情况都是必须要及时的，即使是疫情期间，也应该做好防护后立即医院急诊就诊，并且在去往医院的路上，暂时不要给孩子进食进水，为可能需要进行的急诊手术做好准备。此外，如果未进行手术的隐睾患儿，发生了腹股沟区(大腿根部内侧)的疼痛，也应及时急诊就诊哦。